De gemeente kent één bestuur met twee organen: de raad en het college van B en W. De burgemeester is de voorzitter van de raad en het college. De raad staat aan het hoofd van de gemeente. Als inwoner van gemeente Bunnik kunt u om de vier jaar stemmen voor de leden van de raad.
De rollen van raad en college zijn ingevuld op basis van het dualisme. De verdeling van taken, bevoegdheden en verantwoordelijkheden tussen raad en college staan in de Gemeentewet. De raad stelt de kaders vast om richting aan het beleid en de financiën te geven. Het college bereidt de kaders voor en voert het beleid uit. Door middel van het stellen van onder meer “artikel 32 vragen” of vragen tijdens de vragenronde in de raadsvergadering, blijft de raad op de hoogte van de uitvoering van het college en houdt zij vinger aan de pols.

Raadsleden kunnen ondersteund worden door fractieassistenten, maximaal twee per fractie. Zij mogen ook deelnemen aan vergaderingen van het Open Huis (commissievergadering), als ook vergaderingen van enkele andere commissies en werkgroepen.

De griffie ondersteunt, adviseert en faciliteert de gemeenteraad. Zo regelt de griffie de vergaderingen, de vergaderstukken en adviseert zij over voorstellen, werkwijzen en de juiste aanpak. De griffie vormt tevens de schakel tussen de raad enerzijds en het college en de ambtelijke organisatie anderzijds. De griffier geeft leiding aan de griffie.

In de Agendacommissie wordt besproken hoe de agenda van de raadsvergadering en die van het Open Huis eruit komen te zien. Per fractie neemt er één iemand zitting in de commissie. De voorzitter van de gemeenteraad, de burgemeester, is ook de voorzitter van de agendacommissie.

Zowel raadsleden als fractie-assistenten kunnen zitting nemen in de Auditcommissie. Deze commissie adviseert de gemeenteraad over het beleid en beheer van de gemeentelijke financiën. De Auditcommissie speelt dus een belangrijke rol in de controlerende taak van de gemeenteraad. De Auditcommissie is een functionele commissie wat betekent dat in deze commissie geen politiek wordt bedreven.

In het Seniorenconvent komen de fractievoorzitters eens per twee maanden samen met de burgemeester en de gemeentesecretaris om aanbevelingen te doen aan de raad. Het convent heeft dus voornamelijk een algemeen adviserende rol. Ook is dit de plek waar de burgemeester vertrouwelijke informatie met de fractievoorzitters kan delen.

De griffie is in dienst van de gemeenteraad. Daarmee is de raad of Staten feitelijk de werkgever van de griffie. Zij bepaalt hoeveel en welke middelen er beschikbaar zijn voor de griffie en welke verantwoordelijkheden de griffie op zich neemt. Het werkgeverschap van de gemeenteraad ligt in handen van de werkgeverscommissie. In de werkgeverscommissie zitten enkele raadsleden die zich met de praktische uitvoering van de werkgeverstaak bezighouden.